V produktovém listu je uveden řádek jako Gly-Ala-Lys nebo GAK. To je sekvence: pořadí aminokyselin. Pokud tento řádek umíte přečíst, můžete také zkontrolovat, zda certifikát analýzy dává smysl.
Směr čtení
Peptid má začátek a konec. Začátek se nazývá N-konec, protože nese volnou aminoskupinu. Konec je C-konec s karboxylovou skupinou. Sekvence se vždy zapisuje od N ke C, zleva doprava.
Někdy jsou uvedeny i konce: H-Gly-Ala-Lys-OH. H a OH značí, že začátek a konec nebyly modifikovány.
Dva druhy zkratek
Každá z dvaceti standardních aminokyselin má třípísmenný a jednopísmenný kód. Krátké peptidy se obvykle zapisují třípísmenným kódem, dlouhé jednopísmenným.
| Aminokyselina | 3 písmena | 1 písmeno | Aminokyselina | 3 písmena | 1 písmeno |
|---|---|---|---|---|---|
| Alanin | Ala | A | Leucin | Leu | L |
| Arginin | Arg | R | Lysin | Lys | K |
| Asparagin | Asn | N | Methionin | Met | M |
| Kyselina asparagová | Asp | D | Fenylalanin | Phe | F |
| Cystein | Cys | C | Prolin | Pro | P |
| Kyselina glutamová | Glu | E | Serin | Ser | S |
| Glutamin | Gln | Q | Threonin | Thr | T |
| Glycin | Gly | G | Tryptofan | Trp | W |
| Histidin | His | H | Tyrosin | Tyr | Y |
| Isoleucin | Ile | I | Valin | Val | V |
Symboly pro modifikace
Mnoho syntetických peptidů se liší od prostého řetězce. Nejběžnější symboly:
- Ac- na začátku: N-konec je acetylovaný.
- -NH2 na konci: C-konec je amid místo kyseliny.
- D- před aminokyselinou: zrcadlová forma. V jednopísmenném kódu se často zapisuje malým písmenem.
- Nestandardní názvy jako Aib nebo Nle: aminokyseliny mimo standardní sadu dvaceti.
- Cyclo nebo čára mezi dvěma pozicemi: řetězec tvoří kruh, například přes disulfidický můstek mezi dvěma cysteiny.
Tyto modifikace nejsou jen detail. Mění hmotnost, náboj a často i to, jak rychle se peptid rozkládá.
Příklad k procvičení
Níže uvedený řetězec je výukový příklad, nikoli produkt. N-konec je acetylovaný, C-konec je amid a pozice 3 až 5 jsou označeny jako motiv. Najeďte na aminokyselinu, aby se zobrazil její celý název, nebo přepněte na schematickou strukturu.
Příklad: deset aminokyselin
Schematické zobrazení řetězce. Nejde o naměřenou 3D strukturu.
Najeďte na aminokyselinu nebo použijte klávesy se šipkami a zobrazí se její název.
Schéma otočíte přetažením nebo klávesami se šipkami. Najetím na kuličku zobrazíte název aminokyseliny.
- Hydrofobní
- Nenabitý postranní řetězec, který se vyhýbá vodě.
- Polární
- Nenabitý postranní řetězec, který váže vodu.
- Kladně nabitá
- Zásaditý postranní řetězec, při neutrálním pH kladně nabitý.
- Záporně nabitá
- Kyselý postranní řetězec, při neutrálním pH záporně nabitý.
- Zvláštní (Gly, Pro, Cys)
- Pomáhají určovat tvar řetězce; cystein může tvořit můstek.
- Vazebný motiv
- Označené pozice: 3–5.
Počet aminokyselin v řetězci: 10, zde zobrazeno od N-konce k C-konci. N-konec je acetylovaný, C-konec je amid. Vypočtená průměrná molekulová hmotnost: 1 249,4 g/mol. Porovnejte tuto hodnotu s hmotností uvedenou v certifikátu analýzy.
Od sekvence k hmotnosti
Každá aminokyselina přispívá k řetězci pevnou hmotností. Sečtěte hmotnosti všech stavebních jednotek, přičtěte jednu molekulu vody za oba konce a máte teoretickou molekulovou hmotnost. Započítávají se i modifikace: acetylová skupina přidává přibližně 42 a amid na C-konci odečítá přibližně 1.
Porovnejte tuto vypočtenou hmotnost s hmotností uvedenou v certifikátu analýzy. Pokud se naměřená hodnota liší o více než zlomek, je vhodné požádat dodavatele o vysvětlení.
Jak toto porovnání probíhá ve spektru, s nábojovými stavy a adukty, vysvětluje článek Jak číst hmotnostní spektrum.
Proč na tom záleží
Názvy peptidů nejsou vždy jednoznačné. Stejný název se někdy používá pro celý peptid i pro jeho fragment. Sekvence a číslo CAS jasně ukazují, s jakou sloučeninou pracujete.
Tento článek poskytuje základní informace o laboratorním výzkumu. Nejde o lékařskou radu ani o návod k použití. Všechny produkty jsou určeny výhradně pro výzkumné účely.