Op een productblad staat een regel als Gly-Ala-Lys of GAK. Dat is de sequentie: de volgorde van de aminozuren. Wie die regel kan lezen, kan ook controleren of een analysecertificaat klopt.
De leesrichting
Een peptide heeft een begin en een eind. Het begin heet de N-terminus, omdat daar een vrije aminogroep zit. Het eind is de C-terminus, met een carboxylgroep. Een sequentie schrijf je altijd van N naar C, van links naar rechts.
Soms staan de uiteinden erbij: H-Gly-Ala-Lys-OH. De H en de OH geven aan dat begin en eind niet zijn aangepast.
Twee soorten afkortingen
Elk van de twintig standaardaminozuren heeft een code van drie letters en een code van één letter. Korte peptiden staan meestal in drie letters, lange in één letter.
| Aminozuur | 3 letters | 1 letter | Aminozuur | 3 letters | 1 letter |
|---|---|---|---|---|---|
| Alanine | Ala | A | Leucine | Leu | L |
| Arginine | Arg | R | Lysine | Lys | K |
| Asparagine | Asn | N | Methionine | Met | M |
| Asparaginezuur | Asp | D | Fenylalanine | Phe | F |
| Cysteïne | Cys | C | Proline | Pro | P |
| Glutamine | Gln | Q | Serine | Ser | S |
| Glutaminezuur | Glu | E | Threonine | Thr | T |
| Glycine | Gly | G | Tryptofaan | Trp | W |
| Histidine | His | H | Tyrosine | Tyr | Y |
| Isoleucine | Ile | I | Valine | Val | V |
Tekens voor aanpassingen
Veel synthetische peptiden wijken af van een kale keten. De meest voorkomende tekens:
- Ac- aan het begin: de N-terminus is geacetyleerd.
- -NH2 aan het eind: de C-terminus is een amide in plaats van een zuur.
- D- voor een aminozuur: de gespiegelde vorm. In de eenlettercode staat die vaak als kleine letter.
- Afwijkende namen zoals Aib of Nle: aminozuren buiten de standaardset van twintig.
- Cyclo of een streep tussen twee posities: de keten vormt een ring, bijvoorbeeld via een zwavelbrug tussen twee cysteïnes.
Zulke aanpassingen zijn geen detail. Ze veranderen de massa, de lading en vaak ook hoe snel een peptide wordt afgebroken.
Een voorbeeld om te oefenen
De keten hieronder is een leervoorbeeld en geen product. De N-terminus is geacetyleerd, de C-terminus is een amide en de posities 3 tot en met 5 zijn gemarkeerd als motief. Wijs een eenheid aan voor de volledige naam, of wissel naar de schematische structuur.
Voorbeeld: tien aminozuren
Schematische weergave van de keten. Dit is geen gemeten 3D-structuur.
Wijs een eenheid aan of gebruik de pijltjestoetsen voor de naam van het aminozuur.
Sleep of gebruik de pijltjestoetsen om het schema te draaien. Wijs een kraal aan voor de naam van het aminozuur.
- Hydrofoob
- Zijketen zonder lading die water mijdt.
- Polair
- Zijketen zonder lading die water bindt.
- Positief geladen
- Basische zijketen, positief bij neutrale pH.
- Negatief geladen
- Zure zijketen, negatief bij neutrale pH.
- Bijzonder (Gly, Pro, Cys)
- Bepalen mede de vorm van de keten; cysteïne kan een brug vormen.
- Bindingsmotief
- Gemarkeerde posities: 3–5.
De keten telt 10 aminozuren, hier getoond van de N-terminus naar de C-terminus. De N-terminus is geacetyleerd, de C-terminus is een amide. Berekende gemiddelde molecuulmassa: 1.249,4 g/mol. Vergelijk dit getal met de massa op het analysecertificaat.
Van sequentie naar massa
Elk aminozuur draagt een vaste massa bij aan de keten. Tel de massa’s van alle bouwstenen op, tel één watermolecuul erbij voor de uiteinden, en je hebt de theoretische molecuulmassa. Aanpassingen tel je mee: een acetylgroep voegt ongeveer 42 toe, een amide aan het eind haalt er ongeveer 1 af.
Die berekende massa vergelijk je met de massa die op het analysecertificaat staat. Wijkt de gemeten waarde meer dan een fractie af, dan is het de moeite waard om de leverancier om uitleg te vragen.
Hoe die vergelijking in een spectrum werkt, met ladingstoestanden en adducten, staat in Hoe lees je een massaspectrum?
Waarom dit ertoe doet
Namen van peptiden zijn niet altijd eenduidig. Dezelfde naam wordt soms gebruikt voor een volledig peptide en voor een fragment ervan. De sequentie en het CAS-nummer maken duidelijk welke stof je in handen hebt.
Dit artikel is achtergrondinformatie over laboratoriumonderzoek. Het is geen medisch advies en geen gebruiksaanwijzing. Alle producten zijn uitsluitend voor onderzoek.