Ένα φύλλο προϊόντος δείχνει μια γραμμή όπως Gly-Ala-Lys ή GAK. Αυτή είναι η αλληλουχία: η σειρά των αμινοξέων. Αν μπορείτε να διαβάσετε αυτή τη γραμμή, μπορείτε επίσης να ελέγξετε αν ένα πιστοποιητικό ανάλυσης είναι συνεπές.
Η κατεύθυνση ανάγνωσης
Ένα πεπτίδιο έχει αρχή και τέλος. Η αρχή ονομάζεται N-τελικό άκρο, επειδή φέρει μια ελεύθερη αμινομάδα. Το τέλος είναι το C-τελικό άκρο, με μια καρβοξυλομάδα. Μια αλληλουχία γράφεται πάντα από το N προς το C, από αριστερά προς τα δεξιά.
Μερικές φορές εμφανίζονται και τα άκρα: H-Gly-Ala-Lys-OH. Το H και το OH δηλώνουν ότι η αρχή και το τέλος δεν έχουν τροποποιηθεί.
Δύο είδη συντομογραφίας
Καθένα από τα είκοσι τυπικά αμινοξέα έχει έναν κωδικό τριών γραμμάτων και έναν κωδικό ενός γράμματος. Τα βραχέα πεπτίδια γράφονται συνήθως με τον κωδικό τριών γραμμάτων, τα μακρά με τον κωδικό ενός γράμματος.
| Αμινοξύ | 3 γράμματα | 1 γράμμα | Αμινοξύ | 3 γράμματα | 1 γράμμα |
|---|---|---|---|---|---|
| Αλανίνη | Ala | A | Ιστιδίνη | His | H |
| Αργινίνη | Arg | R | Κυστεΐνη | Cys | C |
| Ασπαραγίνη | Asn | N | Λευκίνη | Leu | L |
| Ασπαρτικό οξύ | Asp | D | Λυσίνη | Lys | K |
| Βαλίνη | Val | V | Μεθειονίνη | Met | M |
| Γλουταμίνη | Gln | Q | Προλίνη | Pro | P |
| Γλουταμινικό οξύ | Glu | E | Σερίνη | Ser | S |
| Γλυκίνη | Gly | G | Τρυπτοφάνη | Trp | W |
| Θρεονίνη | Thr | T | Τυροσίνη | Tyr | Y |
| Ισολευκίνη | Ile | I | Φαινυλαλανίνη | Phe | F |
Σύμβολα για τις τροποποιήσεις
Πολλά συνθετικά πεπτίδια διαφέρουν από μια απλή αλυσίδα. Τα πιο συνηθισμένα σύμβολα:
- Ac- στην αρχή: το N-τελικό άκρο είναι ακετυλιωμένο.
- -NH2 στο τέλος: το C-τελικό άκρο είναι αμίδιο αντί για οξύ.
- D- πριν από ένα αμινοξύ: η κατοπτρική μορφή. Στον κωδικό ενός γράμματος γράφεται συχνά με πεζό γράμμα.
- Μη τυπικές ονομασίες όπως Aib ή Nle: αμινοξέα εκτός του τυπικού συνόλου των είκοσι.
- Cyclo, ή μια γραμμή μεταξύ δύο θέσεων: η αλυσίδα σχηματίζει δακτύλιο, για παράδειγμα μέσω μιας δισουλφιδικής γέφυρας μεταξύ δύο κυστεϊνών.
Αυτές οι τροποποιήσεις δεν είναι απλώς μια λεπτομέρεια. Αλλάζουν τη μάζα, το φορτίο και συχνά το πόσο γρήγορα αποικοδομείται ένα πεπτίδιο.
Ένα παράδειγμα για εξάσκηση
Η παρακάτω αλυσίδα είναι εκπαιδευτικό παράδειγμα, όχι προϊόν. Το N-τελικό άκρο είναι ακετυλιωμένο, το C-τελικό άκρο είναι αμίδιο και οι θέσεις 3 έως 5 έχουν επισημανθεί ως μοτίβο. Δείξτε ένα αμινοξύ για να δείτε την πλήρη ονομασία του ή μεταβείτε στη σχηματική δομή.
Παράδειγμα: δέκα αμινοξέα
Σχηματική απεικόνιση της αλυσίδας. Δεν πρόκειται για μετρημένη τρισδιάστατη δομή.
Τοποθετήστε τον δείκτη σε ένα αμινοξύ ή χρησιμοποιήστε τα πλήκτρα βέλους για να δείτε το όνομά του.
Σύρετε ή χρησιμοποιήστε τα πλήκτρα βέλους για να περιστρέψετε το διάγραμμα. Τοποθετήστε τον δείκτη σε μια σφαίρα για να δείτε το όνομα του αμινοξέος.
- Υδρόφοβο
- Αφόρτιστη πλευρική αλυσίδα που απωθεί το νερό.
- Πολικό
- Αφόρτιστη πλευρική αλυσίδα που δεσμεύει νερό.
- Θετικά φορτισμένο
- Βασική πλευρική αλυσίδα, θετικά φορτισμένη σε ουδέτερο pH.
- Αρνητικά φορτισμένο
- Όξινη πλευρική αλυσίδα, αρνητικά φορτισμένη σε ουδέτερο pH.
- Ειδικό (Gly, Pro, Cys)
- Συμβάλλουν στον καθορισμό του σχήματος της αλυσίδας· η κυστεΐνη μπορεί να σχηματίσει γέφυρα.
- Μοτίβο σύνδεσης
- Επισημασμένες θέσεις: 3–5.
Η αλυσίδα έχει 10 αμινοξέα, που εμφανίζονται εδώ από το N-τελικό έως το C-τελικό άκρο. Το N-τελικό άκρο είναι ακετυλιωμένο, το C-τελικό άκρο είναι αμίδιο. Υπολογισμένη μέση μοριακή μάζα: 1.249,4 g/mol. Συγκρίνετε την τιμή αυτή με τη μάζα στο πιστοποιητικό ανάλυσης.
Από την αλληλουχία στη μάζα
Κάθε αμινοξύ συνεισφέρει μια σταθερή μάζα στην αλυσίδα. Προσθέστε τις μάζες όλων των καταλοίπων, προσθέστε ένα μόριο νερού για τα δύο άκρα και έχετε τη θεωρητική μοριακή μάζα. Μετρούν και οι τροποποιήσεις: μια ακετυλομάδα προσθέτει περίπου 42 και ένα αμίδιο στο C-τελικό άκρο αφαιρεί περίπου 1.
Συγκρίνετε αυτή την υπολογισμένη μάζα με τη μάζα που αναγράφεται στο πιστοποιητικό ανάλυσης. Αν η μετρημένη τιμή διαφέρει περισσότερο από ένα κλάσμα, αξίζει να ζητήσετε εξήγηση από τον προμηθευτή.
Πώς γίνεται αυτή η σύγκριση σε ένα φάσμα, με καταστάσεις φορτίου και προσαγωγά ιόντα, εξηγείται στο Πώς να διαβάσετε ένα φάσμα μάζας.
Γιατί έχει σημασία
Οι ονομασίες των πεπτιδίων δεν είναι πάντα μονοσήμαντες. Η ίδια ονομασία χρησιμοποιείται μερικές φορές για ένα πλήρες πεπτίδιο και για ένα θραύσμα του. Η αλληλουχία και ο αριθμός CAS καθιστούν σαφές με ποια ένωση εργάζεστε.
Το άρθρο αυτό παρέχει πληροφορίες υποβάθρου για την εργαστηριακή έρευνα. Δεν αποτελεί ιατρική συμβουλή ούτε οδηγίες χρήσης. Όλα τα προϊόντα προορίζονται αποκλειστικά για ερευνητική χρήση.