A termékadatlapon olyan sor szerepel, mint Gly-Ala-Lys vagy GAK. Ez a szekvencia: az aminosavak sorrendje. Aki ezt a sort el tudja olvasni, azt is ellenőrizni tudja, hogy egy analitikai tanúsítvány adatai összeillenek-e.
Az olvasási irány
A peptidnek eleje és vége van. Az elejét N-terminális végnek nevezik, mert szabad aminocsoportot hordoz. A vége a C-terminális vég, karboxilcsoporttal. A szekvenciát mindig N-től C felé írják, balról jobbra.
Néha a végeket is feltüntetik: H-Gly-Ala-Lys-OH. A H és az OH azt jelzi, hogy az elejét és a végét nem módosították.
Kétféle rövidítés
A húsz standard aminosav mindegyikének van hárombetűs és egybetűs kódja. A rövid peptideket többnyire hárombetűs, a hosszúakat egybetűs kóddal írják.
| Aminosav | 3 betűs | 1 betűs | Aminosav | 3 betűs | 1 betűs |
|---|---|---|---|---|---|
| Alanin | Ala | A | Leucin | Leu | L |
| Arginin | Arg | R | Lizin | Lys | K |
| Aszparagin | Asn | N | Metionin | Met | M |
| Aszparaginsav | Asp | D | Fenilalanin | Phe | F |
| Cisztein | Cys | C | Prolin | Pro | P |
| Glutaminsav | Glu | E | Szerin | Ser | S |
| Glutamin | Gln | Q | Treonin | Thr | T |
| Glicin | Gly | G | Triptofán | Trp | W |
| Hisztidin | His | H | Tirozin | Tyr | Y |
| Izoleucin | Ile | I | Valin | Val | V |
A módosítások jelölései
Sok szintetikus peptid eltér az egyszerű lánctól. A leggyakoribb jelölések:
- Ac- az elején: az N-terminális vég acetilált.
- -NH2 a végén: a C-terminális vég sav helyett amid.
- D- egy aminosav előtt: a tükörképi forma. Egybetűs kódban gyakran kisbetűvel írják.
- Nem standard nevek, például Aib vagy Nle: a húsz standard aminosavon kívüli aminosavak.
- Cyclo, vagy egy vonal két pozíció között: a lánc gyűrűt alkot, például két cisztein közötti diszulfidhíd révén.
Ezek a módosítások többek egy részletnél. Megváltoztatják a tömeget, a töltést és gyakran azt is, milyen gyorsan bomlik le egy peptid.
Egy gyakorló példa
Az alábbi lánc oktatási példa, nem termék. Az N-terminális vég acetilált, a C-terminális vég amid, a 3–5. pozíció motívumként van jelölve. Mutasson egy aminosavra a teljes nevéért, vagy váltson a sematikus szerkezetre.
Példa: tíz aminosav
A lánc sematikus ábrázolása. Ez nem mért 3D-szerkezet.
Az aminosav nevének megtekintéséhez mutasson rá, vagy használja a nyílbillentyűket.
Az ábra forgatásához húzza el, vagy használja a nyílbillentyűket. Az aminosav nevének megtekintéséhez mutasson egy gyöngyre.
- Hidrofób
- Töltés nélküli oldallánc, amely taszítja a vizet.
- Poláris
- Töltés nélküli oldallánc, amely megköti a vizet.
- Pozitív töltésű
- Bázikus oldallánc, semleges pH-n pozitív.
- Negatív töltésű
- Savas oldallánc, semleges pH-n negatív.
- Különleges (Gly, Pro, Cys)
- Hozzájárulnak a lánc alakjának kialakításához; a cisztein hidat képezhet.
- Kötőmotívum
- Kijelölt pozíciók: 3–5.
A lánc 10 aminosavból áll, itt az N-terminális végtől a C-terminális végig látható. Az N-terminális vég acetilált, a C-terminális vég amid. Számított átlagos molekulatömeg: 1 249,4 g/mol. Vesse össze ezt az értéket az analitikai tanúsítványon szereplő tömeggel.
A szekvenciától a tömegig
Minden aminosav meghatározott tömeggel járul hozzá a lánchoz. Adja össze az összes aminosavegység tömegét, adjon hozzá egy vízmolekulát a két végért, és megkapja az elméleti molekulatömeget. A módosítások is számítanak: egy acetilcsoport kb. 42-vel növeli, a C-terminális amid kb. 1-gyel csökkenti a tömeget.
Vesse össze ezt a számított tömeget az analitikai tanúsítványon megadott tömeggel. Ha a mért érték egy töredéknél nagyobb mértékben eltér, érdemes magyarázatot kérni a beszállítótól.
Hogy ez az összevetés hogyan működik egy spektrumban, töltésállapotokkal és adduktokkal, azt a Hogyan olvasható egy tömegspektrum? című cikk magyarázza el.
Miért fontos ez
A peptidnevek nem mindig egyértelműek. Ugyanazt a nevet néha egy teljes peptidre és annak egy fragmensére is használják. A szekvencia és a CAS-szám egyértelművé teszi, melyik vegyülettel dolgozik.
Ez a cikk háttérinformációt nyújt a laboratóriumi kutatáshoz. Nem orvosi tanács és nem használati utasítás. Minden termék kizárólag kutatási célra szolgál.