Una scheda prodotto riporta una riga come Gly-Ala-Lys o GAK. È la sequenza: l’ordine degli amminoacidi. Se sa leggere questa riga, può anche verificare se un certificato di analisi è coerente.
Il senso di lettura
Un peptide ha un inizio e una fine. L’inizio si chiama estremità N-terminale, perché porta un gruppo amminico libero. La fine è l’estremità C-terminale, con un gruppo carbossilico. Una sequenza si scrive sempre da N a C, da sinistra a destra.
A volte sono indicate anche le estremità: H-Gly-Ala-Lys-OH. H e OH indicano che l’inizio e la fine non sono stati modificati.
Due tipi di abbreviazione
Ciascuno dei venti amminoacidi standard ha un codice a tre lettere e un codice a una lettera. I peptidi brevi si scrivono di norma con il codice a tre lettere, quelli lunghi con il codice a una lettera.
| Amminoacido | 3 lettere | 1 lettera | Amminoacido | 3 lettere | 1 lettera |
|---|---|---|---|---|---|
| Acido aspartico | Asp | D | Isoleucina | Ile | I |
| Acido glutammico | Glu | E | Leucina | Leu | L |
| Alanina | Ala | A | Lisina | Lys | K |
| Arginina | Arg | R | Metionina | Met | M |
| Asparagina | Asn | N | Prolina | Pro | P |
| Cisteina | Cys | C | Serina | Ser | S |
| Fenilalanina | Phe | F | Tirosina | Tyr | Y |
| Glicina | Gly | G | Treonina | Thr | T |
| Glutammina | Gln | Q | Triptofano | Trp | W |
| Istidina | His | H | Valina | Val | V |
Simboli per le modifiche
Molti peptidi sintetici differiscono da una semplice catena. I simboli più comuni:
- Ac- all’inizio: l’estremità N-terminale è acetilata.
- -NH2 alla fine: l’estremità C-terminale è un’ammide anziché un acido.
- D- prima di un amminoacido: la forma speculare. Nel codice a una lettera è spesso scritta come lettera minuscola.
- Nomi non standard come Aib o Nle: amminoacidi al di fuori dell’insieme standard dei venti.
- Cyclo, o una linea tra due posizioni: la catena forma un anello, ad esempio tramite un ponte disolfuro tra due cisteine.
Queste modifiche non sono un dettaglio. Cambiano la massa, la carica e spesso anche la velocità con cui un peptide viene degradato.
Un esempio per esercitarsi
La catena qui sotto è un esempio didattico, non un prodotto. L’estremità N-terminale è acetilata, quella C-terminale è un’ammide e le posizioni da 3 a 5 sono contrassegnate come motivo. Indichi un amminoacido per vederne il nome completo, oppure passi alla struttura schematica.
Esempio: dieci amminoacidi
Rappresentazione schematica della catena. Non si tratta di una struttura 3D misurata.
Puntare su un amminoacido o usare i tasti freccia per visualizzarne il nome.
Trascinare o usare i tasti freccia per ruotare lo schema. Puntare su una sfera per visualizzare il nome dell’amminoacido.
- Idrofobico
- Catena laterale senza carica che evita l’acqua.
- Polare
- Catena laterale senza carica che lega l’acqua.
- Con carica positiva
- Catena laterale basica, positiva a pH neutro.
- Con carica negativa
- Catena laterale acida, negativa a pH neutro.
- Speciale (Gly, Pro, Cys)
- Contribuiscono a determinare la forma della catena; la cisteina può formare un ponte.
- Motivo di legame
- Posizioni contrassegnate: 3–5.
La catena è composta da 10 amminoacidi, mostrati qui dall’estremità N-terminale all’estremità C-terminale. L’estremità N-terminale è acetilata, l’estremità C-terminale è un’ammide. Massa molecolare media calcolata: 1.249,4 g/mol. Confronti questo valore con la massa riportata sul certificato di analisi.
Dalla sequenza alla massa
Ogni amminoacido contribuisce alla catena con una massa fissa. Sommi le masse di tutti i residui, aggiunga una molecola d’acqua per le due estremità e otterrà la massa molecolare teorica. Anche le modifiche contano: un gruppo acetile aggiunge circa 42, un’ammide all’estremità C-terminale sottrae circa 1.
Confronti questa massa calcolata con la massa riportata sul certificato di analisi. Se il valore misurato si discosta di più di una frazione, vale la pena chiedere una spiegazione al fornitore.
Come funziona questo confronto in uno spettro, con stati di carica e addotti, è spiegato in Come leggere uno spettro di massa.
Perché è importante
I nomi dei peptidi non sono sempre univoci. Lo stesso nome viene talvolta usato per un peptide completo e per un suo frammento. La sequenza e il numero CAS chiariscono con quale composto si sta lavorando.
Questo articolo fornisce informazioni di contesto sulla ricerca di laboratorio. Non costituisce una consulenza medica né istruzioni per l’uso. Tutti i prodotti sono destinati esclusivamente alla ricerca.