På et produktblad står en linje som Gly-Ala-Lys eller GAK. Det er sekvensen: rækkefølgen af aminosyrerne. Kan du læse den linje, kan du også kontrollere, om et analysecertifikat stemmer.
Læseretningen
Et peptid har en begyndelse og en ende. Begyndelsen kaldes N-terminalen, fordi den bærer en fri aminogruppe. Enden er C-terminalen med en carboxylgruppe. En sekvens skrives altid fra N til C, fra venstre mod højre.
Nogle gange vises enderne også: H-Gly-Ala-Lys-OH. H og OH angiver, at begyndelsen og enden ikke er modificeret.
To slags forkortelser
Hver af de tyve standardaminosyrer har en trebogstavskode og en etbogstavskode. Korte peptider skrives som regel med trebogstavskode, lange med etbogstavskode.
| Aminosyre | 3 bogstaver | 1 bogstav | Aminosyre | 3 bogstaver | 1 bogstav |
|---|---|---|---|---|---|
| Alanin | Ala | A | Leucin | Leu | L |
| Arginin | Arg | R | Lysin | Lys | K |
| Asparagin | Asn | N | Methionin | Met | M |
| Asparaginsyre | Asp | D | Phenylalanin | Phe | F |
| Cystein | Cys | C | Prolin | Pro | P |
| Glutaminsyre | Glu | E | Serin | Ser | S |
| Glutamin | Gln | Q | Threonin | Thr | T |
| Glycin | Gly | G | Tryptofan | Trp | W |
| Histidin | His | H | Tyrosin | Tyr | Y |
| Isoleucin | Ile | I | Valin | Val | V |
Symboler for modifikationer
Mange syntetiske peptider afviger fra en simpel kæde. De mest almindelige symboler:
- Ac- i begyndelsen: N-terminalen er acetyleret.
- -NH2 i enden: C-terminalen er et amid i stedet for en syre.
- D- foran en aminosyre: spejlbilledformen. I etbogstavskode skrives den ofte som et lille bogstav.
- Ikke-standardnavne som Aib eller Nle: aminosyrer uden for standardsættet på tyve.
- Cyclo, eller en streg mellem to positioner: kæden danner en ring, fx via en disulfidbro mellem to cysteiner.
Disse modifikationer er mere end en detalje. De ændrer massen, ladningen og ofte, hvor hurtigt et peptid nedbrydes.
Et eksempel at øve sig på
Kæden nedenfor er et undervisningseksempel, ikke et produkt. N-terminalen er acetyleret, C-terminalen er et amid, og position 3 til 5 er markeret som et motiv. Peg på en aminosyre for at se dens fulde navn, eller skift til den skematiske struktur.
Eksempel: ti aminosyrer
Skematisk visning af kæden. Dette er ikke en målt 3D-struktur.
Peg på en aminosyre, eller brug piletasterne for at se dens navn.
Træk, eller brug piletasterne for at dreje skemaet. Peg på en kugle for at se aminosyrens navn.
- Hydrofob
- Uladet sidekæde, der undgår vand.
- Polær
- Uladet sidekæde, der binder vand.
- Positivt ladet
- Basisk sidekæde, positiv ved neutral pH.
- Negativt ladet
- Sur sidekæde, negativ ved neutral pH.
- Særlig (Gly, Pro, Cys)
- Bidrager til at bestemme kædens form; cystein kan danne en bro.
- Bindingsmotiv
- Markerede positioner: 3–5.
Antal aminosyrer i kæden: 10. De vises her fra N-terminalen til C-terminalen. N-terminalen er acetyleret, C-terminalen er et amid. Beregnet gennemsnitlig molekylmasse: 1.249,4 g/mol. Sammenlign dette tal med massen på analysecertifikatet.
Fra sekvens til masse
Hver aminosyre bidrager med en fast masse til kæden. Læg masserne af alle byggestenene sammen, læg ét vandmolekyle til for de to ender, og du har den teoretiske molekylmasse. Modifikationer tæller også med: en acetylgruppe lægger ca. 42 til, og et amid ved C-terminalen trækker ca. 1 fra.
Sammenlign den beregnede masse med den masse, der er angivet på analysecertifikatet. Afviger den målte værdi med mere end en brøkdel, er det værd at bede leverandøren om en forklaring.
Hvordan den sammenligning foregår i et spektrum, med ladningstilstande og addukter, forklares i Sådan læser du et massespektrum.
Hvorfor det er vigtigt
Peptidnavne er ikke altid entydige. Det samme navn bruges nogle gange om et fuldt peptid og om et fragment af det. Sekvensen og CAS-nummeret gør det klart, hvilket stof du arbejder med.
Denne artikel giver baggrundsviden om laboratorieforskning. Den er hverken medicinsk rådgivning eller en brugsanvisning. Alle produkter er udelukkende beregnet til forskningsbrug.