Na karcie produktu widnieje wiersz taki jak Gly-Ala-Lys lub GAK. To sekwencja, czyli kolejność aminokwasów. Kto potrafi odczytać ten wiersz, może też sprawdzić, czy certyfikat analizy się zgadza.
Kierunek odczytu
Peptyd ma początek i koniec. Początek nazywa się N-końcem, ponieważ znajduje się na nim wolna grupa aminowa. Koniec to C-koniec, z grupą karboksylową. Sekwencję zapisuje się zawsze od N do C, od lewej do prawej.
Czasem zaznacza się też końce: H-Gly-Ala-Lys-OH. H i OH oznaczają, że początek i koniec nie zostały zmodyfikowane.
Dwa rodzaje skrótów
Każdy z dwudziestu standardowych aminokwasów ma kod trzyliterowy i kod jednoliterowy. Krótkie peptydy zapisuje się zwykle kodem trzyliterowym, długie kodem jednoliterowym.
| Aminokwas | Kod 3-literowy | Kod 1-literowy | Aminokwas | Kod 3-literowy | Kod 1-literowy |
|---|---|---|---|---|---|
| Alanina | Ala | A | Leucyna | Leu | L |
| Arginina | Arg | R | Lizyna | Lys | K |
| Asparagina | Asn | N | Metionina | Met | M |
| Kwas asparaginowy | Asp | D | Fenyloalanina | Phe | F |
| Cysteina | Cys | C | Prolina | Pro | P |
| Kwas glutaminowy | Glu | E | Seryna | Ser | S |
| Glutamina | Gln | Q | Treonina | Thr | T |
| Glicyna | Gly | G | Tryptofan | Trp | W |
| Histydyna | His | H | Tyrozyna | Tyr | Y |
| Izoleucyna | Ile | I | Walina | Val | V |
Symbole modyfikacji
Wiele syntetycznych peptydów różni się od prostego łańcucha. Najczęstsze symbole:
- Ac- na początku: N-koniec jest acetylowany.
- -NH2 na końcu: C-koniec jest amidem, a nie kwasem.
- D- przed aminokwasem: forma lustrzana. W kodzie jednoliterowym zapisuje się ją często małą literą.
- Nazwy niestandardowe, takie jak Aib lub Nle: aminokwasy spoza standardowego zestawu dwudziestu.
- Cyclo lub kreska między dwiema pozycjami: łańcuch tworzy pierścień, na przykład dzięki mostkowi disiarczkowemu między dwiema cysteinami.
Takie modyfikacje to coś więcej niż szczegół. Zmieniają masę, ładunek, a często także szybkość, z jaką peptyd ulega rozkładowi.
Przykład do ćwiczeń
Poniższy łańcuch jest przykładem dydaktycznym, a nie produktem. N-koniec jest acetylowany, C-koniec jest amidem, a pozycje od 3 do 5 oznaczono jako motyw. Wskazanie aminokwasu pokazuje jego pełną nazwę; można też przełączyć widok na strukturę schematyczną.
Przykład: dziesięć aminokwasów
Schematyczne przedstawienie łańcucha. Nie jest to zmierzona struktura 3D.
Aby zobaczyć nazwę aminokwasu, prosimy wskazać go kursorem lub użyć klawiszy strzałek.
Aby obrócić schemat, prosimy przeciągnąć go lub użyć klawiszy strzałek. Aby zobaczyć nazwę aminokwasu, prosimy wskazać kulkę.
- Hydrofobowy
- Łańcuch boczny bez ładunku, który unika wody.
- Polarny
- Łańcuch boczny bez ładunku, który wiąże wodę.
- Naładowany dodatnio
- Zasadowy łańcuch boczny, naładowany dodatnio przy obojętnym pH.
- Naładowany ujemnie
- Kwasowy łańcuch boczny, naładowany ujemnie przy obojętnym pH.
- Specjalny (Gly, Pro, Cys)
- Współdecydują o kształcie łańcucha; cysteina może tworzyć mostek.
- Motyw wiążący
- Zaznaczone pozycje: 3–5.
Liczba aminokwasów w łańcuchu: 10. Przedstawiono je tutaj od N-końca do C-końca. N-koniec jest acetylowany, C-koniec ma postać amidu. Obliczona średnia masa cząsteczkowa: 1 249,4 g/mol. Prosimy porównać tę liczbę z masą podaną w certyfikacie analizy.
Od sekwencji do masy
Każdy aminokwas wnosi do łańcucha stałą masę. Po zsumowaniu mas wszystkich elementów budulcowych i dodaniu jednej cząsteczki wody za oba końce otrzymuje się teoretyczną masę cząsteczkową. Modyfikacje również się liczą: grupa acetylowa dodaje około 42, a amid na C-końcu odejmuje około 1.
Tę obliczoną masę porównuje się z masą podaną na certyfikacie analizy. Jeśli zmierzona wartość różni się o więcej niż ułamek, warto poprosić dostawcę o wyjaśnienie.
Jak takie porównanie wygląda w widmie, z uwzględnieniem stanów naładowania i adduktów, wyjaśnia artykuł Jak czytać widmo masowe.
Dlaczego to ma znaczenie
Nazwy peptydów nie zawsze są jednoznaczne. Ta sama nazwa bywa używana zarówno dla pełnego peptydu, jak i dla jego fragmentu. Sekwencja i numer CAS pozwalają ustalić, z jakim związkiem się pracuje.
Ten artykuł zawiera informacje ogólne na temat badań laboratoryjnych. Nie stanowi porady medycznej ani instrukcji użycia. Wszystkie produkty są przeznaczone wyłącznie do celów badawczych.