Pe o fișă de produs apare un rând precum Gly-Ala-Lys sau GAK. Aceasta este secvența: ordinea aminoacizilor. Dacă puteți citi acest rând, puteți verifica și dacă un certificat de analiză este corect.
Sensul de citire
O peptidă are un început și un sfârșit. Începutul se numește capătul N-terminal, deoarece poartă o grupare amino liberă. Sfârșitul este capătul C-terminal, cu o grupare carboxil. O secvență se scrie întotdeauna de la N la C, de la stânga la dreapta.
Uneori sunt indicate și capetele: H-Gly-Ala-Lys-OH. H și OH arată că începutul și sfârșitul nu au fost modificate.
Două tipuri de prescurtări
Fiecare dintre cei douăzeci de aminoacizi standard are un cod din trei litere și un cod dintr-o literă. Peptidele scurte se scriu de obicei cu codul din trei litere, cele lungi cu codul dintr-o literă.
| Aminoacid | 3 litere | 1 literă | Aminoacid | 3 litere | 1 literă |
|---|---|---|---|---|---|
| Alanină | Ala | A | Leucină | Leu | L |
| Arginină | Arg | R | Lizină | Lys | K |
| Asparagină | Asn | N | Metionină | Met | M |
| Acid aspartic | Asp | D | Fenilalanină | Phe | F |
| Cisteină | Cys | C | Prolină | Pro | P |
| Acid glutamic | Glu | E | Serină | Ser | S |
| Glutamină | Gln | Q | Treonină | Thr | T |
| Glicină | Gly | G | Triptofan | Trp | W |
| Histidină | His | H | Tirozină | Tyr | Y |
| Izoleucină | Ile | I | Valină | Val | V |
Simboluri pentru modificări
Multe peptide sintetice diferă de un lanț simplu. Cele mai frecvente simboluri:
- Ac- la început: capătul N-terminal este acetilat.
- -NH2 la sfârșit: capătul C-terminal este o amidă în loc de un acid.
- D- înaintea unui aminoacid: forma în oglindă. În codul dintr-o literă se scrie adesea cu literă mică.
- Denumiri nestandard precum Aib sau Nle: aminoacizi din afara setului standard de douăzeci.
- Cyclo sau o linie între două poziții: lanțul formează un inel, de exemplu printr-o punte disulfurică între două cisteine.
Aceste modificări sunt mai mult decât un detaliu. Ele schimbă masa, sarcina și adesea viteza cu care o peptidă este descompusă.
Un exemplu pentru exercițiu
Lanțul de mai jos este un exemplu didactic, nu un produs. Capătul N-terminal este acetilat, capătul C-terminal este o amidă, iar pozițiile 3-5 sunt marcate ca motiv. Indicați un aminoacid pentru a vedea denumirea completă sau treceți la structura schematică.
Exemplu: zece aminoacizi
Reprezentare schematică a lanțului. Nu este o structură 3D măsurată.
Indicați un aminoacid sau folosiți tastele săgeată pentru a-i vedea denumirea.
Trageți sau folosiți tastele săgeată pentru a roti schema. Indicați o bilă pentru a vedea denumirea aminoacidului.
- Hidrofob
- Catenă laterală fără sarcină, care evită apa.
- Polar
- Catenă laterală fără sarcină, care se leagă de apă.
- Cu sarcină pozitivă
- Catenă laterală bazică, pozitivă la pH neutru.
- Cu sarcină negativă
- Catenă laterală acidă, negativă la pH neutru.
- Special (Gly, Pro, Cys)
- Contribuie la determinarea formei lanțului; cisteina poate forma o punte.
- Motiv de legare
- Poziții marcate: 3–5.
Număr de aminoacizi în lanț: 10. Lanțul se afișează aici de la capătul N-terminal la capătul C-terminal. Capătul N-terminal este acetilat, capătul C-terminal este o amidă. Masa moleculară medie calculată: 1.249,4 g/mol. Comparați această valoare cu masa de pe certificatul de analiză.
De la secvență la masă
Fiecare aminoacid contribuie cu o masă fixă la lanț. Adunați masele tuturor componentelor, adăugați o moleculă de apă pentru cele două capete și obțineți masa moleculară teoretică. Contează și modificările: o grupare acetil adaugă aproximativ 42, iar o amidă la capătul C-terminal scade aproximativ 1.
Comparați această masă calculată cu masa indicată pe certificatul de analiză. Dacă valoarea măsurată diferă cu mai mult de o fracțiune, merită să cereți furnizorului o explicație.
Cum funcționează această comparație într-un spectru, cu stări de sarcină și aducți, se explică în Cum se citește un spectru de masă.
De ce contează
Denumirile peptidelor nu sunt întotdeauna lipsite de ambiguitate. Același nume se folosește uneori pentru o peptidă completă și pentru un fragment al acesteia. Secvența și numărul CAS arată clar cu ce compus lucrați.
Acest articol oferă informații de context despre cercetarea de laborator. Nu reprezintă un sfat medical și nici instrucțiuni de utilizare. Toate produsele sunt destinate exclusiv cercetării.