Uma ficha de produto mostra uma linha como Gly-Ala-Lys ou GAK. É a sequência: a ordem dos aminoácidos. Se souber ler essa linha, pode também verificar se um certificado de análise bate certo.
O sentido de leitura
Um péptido tem um início e um fim. O início chama-se extremidade N-terminal, porque tem um grupo amino livre. O fim é a extremidade C-terminal, com um grupo carboxilo. Uma sequência escreve-se sempre de N para C, da esquerda para a direita.
Por vezes, as extremidades também são indicadas: H-Gly-Ala-Lys-OH. O H e o OH indicam que o início e o fim não foram modificados.
Dois tipos de abreviatura
Cada um dos vinte aminoácidos padrão tem um código de três letras e um código de uma letra. Os péptidos curtos escrevem-se normalmente no código de três letras, os longos no código de uma letra.
| Aminoácido | 3 letras | 1 letra | Aminoácido | 3 letras | 1 letra |
|---|---|---|---|---|---|
| Alanina | Ala | A | Leucina | Leu | L |
| Arginina | Arg | R | Lisina | Lys | K |
| Asparagina | Asn | N | Metionina | Met | M |
| Ácido aspártico | Asp | D | Fenilalanina | Phe | F |
| Cisteína | Cys | C | Prolina | Pro | P |
| Ácido glutâmico | Glu | E | Serina | Ser | S |
| Glutamina | Gln | Q | Treonina | Thr | T |
| Glicina | Gly | G | Triptofano | Trp | W |
| Histidina | His | H | Tirosina | Tyr | Y |
| Isoleucina | Ile | I | Valina | Val | V |
Símbolos das modificações
Muitos péptidos sintéticos diferem de uma cadeia simples. Os símbolos mais comuns:
- Ac- no início: a extremidade N-terminal está acetilada.
- -NH2 no fim: a extremidade C-terminal é uma amida em vez de um ácido.
- D- antes de um aminoácido: a forma especular. No código de uma letra, escreve-se frequentemente com letra minúscula.
- Nomes não padrão como Aib ou Nle: aminoácidos fora do conjunto padrão de vinte.
- Cyclo, ou uma linha entre duas posições: a cadeia forma um anel, por exemplo através de uma ponte dissulfureto entre duas cisteínas.
Estas modificações são mais do que um pormenor. Alteram a massa, a carga e, muitas vezes, a rapidez com que um péptido é degradado.
Um exemplo para praticar
A cadeia abaixo é um exemplo didático, não um produto. A extremidade N-terminal está acetilada, a extremidade C-terminal é uma amida e as posições 3 a 5 estão assinaladas como motivo. Aponte para um aminoácido para ver o nome completo, ou mude para a estrutura esquemática.
Exemplo: dez aminoácidos
Representação esquemática da cadeia. Não é uma estrutura 3D medida.
Aponte para um aminoácido ou utilize as teclas de seta para ver o nome.
Arraste ou utilize as teclas de seta para rodar o esquema. Aponte para uma esfera para ver o nome do aminoácido.
- Hidrofóbico
- Cadeia lateral sem carga que evita a água.
- Polar
- Cadeia lateral sem carga que se liga à água.
- Com carga positiva
- Cadeia lateral básica, positiva a pH neutro.
- Com carga negativa
- Cadeia lateral ácida, negativa a pH neutro.
- Especial (Gly, Pro, Cys)
- Contribuem para determinar a forma da cadeia; a cisteína pode formar uma ponte.
- Motivo de ligação
- Posições marcadas: 3–5.
A cadeia tem 10 aminoácidos, apresentados aqui da extremidade N-terminal à extremidade C-terminal. A extremidade N-terminal está acetilada, a extremidade C-terminal é uma amida. Massa molecular média calculada: 1 249,4 g/mol. Compare este valor com a massa que consta do certificado de análise.
Da sequência à massa
Cada aminoácido contribui com uma massa fixa para a cadeia. Some as massas de todos os resíduos, acrescente uma molécula de água pelas duas extremidades e obtém a massa molecular teórica. As modificações também contam: um grupo acetilo acrescenta cerca de 42 e uma amida na extremidade C-terminal subtrai cerca de 1.
Compare essa massa calculada com a massa indicada no certificado de análise. Se o valor medido diferir mais do que uma fração, vale a pena pedir uma explicação ao fornecedor.
A forma como essa comparação funciona num espectro, com estados de carga e adutos, é explicada em Como ler um espectro de massa.
Porque é que isto importa
Os nomes dos péptidos nem sempre são inequívocos. O mesmo nome é por vezes utilizado para um péptido completo e para um fragmento dele. A sequência e o número CAS deixam claro com que composto está a trabalhar.
Este artigo contém informação de contexto sobre investigação laboratorial. Não constitui aconselhamento médico nem instruções de utilização. Todos os produtos se destinam exclusivamente a investigação.